В соответствии с частью 4 статьи 19 закона Ненецкого автономного округа от 22.09.2011 № 58-оз «О Счетной палате Ненецкого автономного округа» (в ред. закона НАО от 18.02.2013 № 1-оз) проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться с жалобой на действия (бездействие) Счетной палаты в Собрание депутатов округа в порядке, установленном Регламентом Собрания депутатов Ненецкого автономного округа.
Порядок обжалования действий (бездействия) Счётной палаты НАО регламентирован статьёй 118.2 Регламента Собрания депутатов Ненецкого автономного округа, утверждённого постановлением Собрания депутатов НАО от 23.06.2011 № 153-сд (ред. от 26.11.2012):
«Статья 118.2. Рассмотрение жалоб на действия (бездействие) Счетной палаты Ненецкого автономного округа (введена постановлением Собрания депутатов НАО от 26.11.2012 № 313-сд)
    1. Проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться с жалобой на действия (бездействие) Счетной палаты Ненецкого автономного округа в Собрание депутатов. Жалоба направляется в Собрание депутатов в письменной форме и подлежит обязательной регистрации в день ее поступления.
    2. Поступившая жалоба не позднее следующего рабочего дня со дня ее регистрации направляется председателем Собрания депутатов в постоянную комиссию Собрания депутатов Ненецкого автономного округа по бюджету и экономической политике (далее по тексту настоящей статьи - постоянная комиссия) для рассмотрения. Копии жалобы и прилагаемых к ней документов направляются в Счетную палату Ненецкого автономного округа.
    3. Поступившая в Собрание депутатов жалоба на действия (бездействие) Счетной палаты Ненецкого автономного округа не подлежит рассмотрению в случаях, если:
в жалобе отсутствуют наименование органа (организации), направившей жалобу, почтовый адрес, по которому должен быть направлен ответ, должность лица, подписавшего жалобу;
жалоба подписана неправомочным лицом;
в жалобе содержатся нецензурные либо оскорбительные выражения, угрозы жизни, здоровью и имуществу должностного лица Счетной палаты Ненецкого автономного округа или членов его семьи;
текст жалобы не поддается прочтению;
ответ по существу поставленного в жалобе вопроса не может быть дан без разглашения сведений, составляющих государственную или иную охраняемую федеральным законом тайну;
жалоба ранее была рассмотрена Собранием депутатов и при этом в жалобе не приводятся новые доводы или обстоятельства.
    Ответ с указанием причин отказа в рассмотрении жалобы направляется в орган (организацию, должностному лицу), обратившийся с жалобой.
    4. Постоянная комиссия обеспечивает объективное, всестороннее и своевременное рассмотрение жалобы с участием представителей Счетной палаты Ненецкого автономного округа и органа (организации, должностного лица), подавшего жалобу (далее по тексту настоящей статьи - заявитель).
На заседание постоянной комиссии могут быть приглашены специалисты, эксперты, а также иные лица, обладающие информацией, необходимой для рассмотрения жалобы.
Жалоба должна быть рассмотрена постоянной комиссией не позднее 30 календарных дней со дня ее регистрации в Собрании депутатов. Срок рассмотрения жалобы может быть продлен по решению постоянной комиссии не более чем на 30 календарных дней в случае, если заявителем не представлены необходимые для рассмотрения жалобы документы, а также в случаях необходимости получения от Счетной палаты Ненецкого автономного округа, других государственных органов, органов государственной власти Ненецкого автономного округа, органов местного самоуправления муниципальных образований Ненецкого автономного округа и иных должностных лиц органов и организаций дополнительных документов и материалов, необходимых для рассмотрения обращения, с письменным уведомлением заявителя о продлении срока рассмотрения жалобы.
    5. В связи с рассмотрением жалобы постоянная комиссия вправе запрашивать, в том числе в электронной форме, необходимые для рассмотрения жалобы документы и материалы в других государственных органах, органах государственной власти Ненецкого автономного округа, органах местного самоуправления муниципальных образований Ненецкого автономного округа и у иных должностных лиц.
      6. По итогам рассмотрения жалобы постоянная комиссия принимает одно из следующих решений:
1) о признании жалобы обоснованной и направлении Счетной палате Ненецкого автономного округа рекомендаций по устранению выявленных нарушений;
2) о признании жалобы необоснованной.
Постоянная комиссия может принять решение о вынесении жалобы на рассмотрение сессии Собрания депутатов.
    7. О результатах рассмотрения жалобы Собрание депутатов сообщает заявителю не позднее семи календарных дней со дня рассмотрения жалобы постоянной комиссией.»

    Кроме изложенного выше, приказы Счётной палаты Ненецкого автономного округа нормативного характера, а также действия (бездействие) Счётной палаты НАО обжалуются в суд в установленном законом порядке.